Opinnäytetyön rakenteeseen ei ole yhtä ehdotonta mallia, jota kaikkien tulisi myötäillä. Opinnäytetyöt ovat erilaisia: joissakin voi painottua uuden tiedon tuottaminen, toisissa taas innovatiiviset toimintakokeilut. Joissakin töissä on tärkeintä vaikutus kohderyhmään tai jopa yhteiskunnallinen vaikuttavuus. Opinnäytetöiden rakenteelliset perusratkaisut ovat kuitenkin kaikille yhteisiä.
Työn rakenne kannattaa pitää yksinkertaisena. Yleensä opiskelijat kirjoittavat opinnäytetöihinsä pikemminkin liikaa kuin liian vähän lukuja. Otsikkorakenne on tärkeää pitää lukijaystävällisenä. Kahden otsikkotason rakenne on huomattavasti parempi kuin kolmen. Kahta peräkkäistä otsikkoa on syytä välttää. Luvuista ei pidä myöskään tehdä liian lyhyitä, jotta tekstistä ei tule ”hakkaavaa” ja luettelomaista.
Sopiva määrä päälukuja on kuudesta kahdeksaan: johdanto, opinnäytetyön teoreettinen näkökulma, 2–3 tutkimusaineiston käsittelyyn liittyvää lukua sekä johtopäätösluku. Lisäksi opinnäytetyössä on usein oma menetelmälukunsa, jossa kuvataan opinnäytetyössä sovellettavat kehittämistyön menetelmät ja lähestymistapa. Näiden lisäksi kehittämistyön evaluoinnista tai työn tulosten jalkauttamisesta voi joissakin tapauksissa kirjoittaa oman lukunsa. Ennen johdantoa opinnäytetyöhön sisältyvät suomen- ja englanninkieliset tiivistelmät.
Yleensä opinnäytetyön rakenne muistuttaa abstraktiotasoltaan U-kirjainta. Johdannossa ja teorialuvussa tekstiä johdattavat teoreettiset käsitteet. Menetelmäluvussa ja sitä seuraavissa sisältöluvuissa laskeudutaan käsitteelliseltä tasolta käytännönläheisen toiminnan kuvaukseen. Sisältöluvuissa voidaan kuvata yksityiskohtaisesti, miten esimerkiksi innovatiiviset toimintakokeilut toteutettiin ja kuinka niistä kerättiin analysoitavaa aineistoa osallistuvan havainnoinnin keinoin. Lopuksi palataan takaisin abstraktimmalle tasolle, kun pohditaan opinnäytetyön tuottamaa uutta tietoa ja sen lisäarvoa käsitteelliseen eli teoreettiseen tietoon.