Opinnäytetyö on isolta osaltaan itsenäistä työtä kirjoittamisen ja lähdekirjallisuuden lukemisen vaikutuksesta. Yleensä tutkimuksellinen kehittäminen kuitenkin edellyttää läheistä yhteistyötä tilaajatahon ja mahdolliseen kenttätyöhön osallistuvien kanssa.
Opinnäytetyöntekijällä on oikeus saada työlleen ohjausta. Jokaiselle nimetään henkilökohtainen työn ohjaaja. Opinnäytetyön ohjaajat järjestävät tietyin väliajoin tapaamisia ohjattaviensa kanssa. Eri ohjaajilla on erilaisia työtapoja, joista sovitaan ohjauksen aluksi. Yleensä ohjaus on luonteeltaan ryhmäohjausta verkossa, jossa opiskelijat lukevat toistensa töiden eri vaiheita. Ohjaaja tiedottaa tapaamisista ohjattavilleen ja antaa heille tapaamisia koskevan ohjeistuksen.
Ohjaukseen on syytä valmistautua hyvin. Yleensä ohjaaja vaatii työn edistymistä seuraavaan ohjaustapaamiseen mennessä. Ohjaukseen ei kannata suhtautua työn arvosteluna. Parhaimmillaan ohjaus on yhteistä ongelmanratkaisua ja pohdintaa siitä, mihin asioihin kannattaa seuraavaksi keskittyä. Onnistuneen ohjauksen tunnistaa yleensä siitä, että opiskelija tietää, mitä tehdä seuraavaksi.
Opinnäytetyön tekeminen on todennäköisesti työmäärältään laajin projekti, jonka opiskelija opintojensa aikana tekee. Siihen voi sisältyä monenlaisia tunteita: innostusta, oivaltamisen iloa, huolta, väsymystä ja ärtymystäkin. Opiskelijan kannattaa rohkeasti ottaa myös negatiiviset tuntemuksensa puheeksi ohjaajansa kanssa. Ohjaajat ovat kokeneita ja osaavat auttaa ongelmien voittamisessa.
Joskus opinnäytetyön tekemiseen liittyvät epämukavat tunteet voivat heijastua ohjaussuhteeseen ja saada sen tuntumaan vaikealta. Tällaiset haasteet on pyrittävä ensisijaisesti ratkaisemaan ohjaajan ja ohjattavan kesken. Opinnäytetyön ohjaajaa ei voi vaihtaa kuin pakottavista syistä ja perustellusti. Syyt ja perustelut tulee osoittaa opinnäytetyökoordinaattorille, joka molempia osapuolia kuultuaan tekee päätöksen.